تتمثل رؤيتنا في أن يصبح مركز الزعيم الأزهري للأبحاث الصحية مرجعًا علميًا متميزًا في مجالات الصحة والطب، من خلال قيادة أبحاث ذات جودة عالية تستجيب للتحديات الواقعية التي تواجه المجتمع السوداني والإقليمي.

نطمح إلى أن يكون المركز جسراً للتعاون بين الجامعات، مراكز البحوث، والمؤسسات الصحية محليًا ودوليًا، وأن نساهم في إنتاج معرفة جديدة تُترجم إلى حلول عملية وسياسات فعّالة تعزز الصحة العامة.

من خلال الالتزام بالابتكار، الجودة، والتأثير الإيجابي، نهدف إلى تحقيق مكانة مرموقة تجعلنا في طليعة المراكز البحثية التي تقدم أبحاثًا رائدة تواكب المستجدات العلمية العالمية وتلبي في الوقت نفسه احتياجات المجتمع المحلي.